El territorio ocupado actualmente por el municipio de Puerto Colombia formó parte jurídicamente del municipio de Tubará, territorio ocupado tradicionalmente por la cultura Mocaná. Su origen data del año de 1850 cuando un número significativo de familias originarias de Tubará y San Antonio de Salgar levantaron sus viviendas al pie de un cerro llamado Cupino, del cual derivó su nombre, cerro de Cupino, atraídos por la abundancia de pesca y la tranquilidad del medio.
El 31 de diciembre de 1870 se inauguró el ferrocarril de Barranquilla a Salgar. A causa del poco fondo de la bahía, se decidió, a instancias de Cisneros, quien había adquirido el ferrocarril, la prolongación de la línea férrea hasta Cupino, obra que se inauguró el 31 de diciembre de 1888.
Posteriormente el caserío tomó el nombre de Puerto Colombia en 1893, cuando se concluyeron las obras de construcción del muelle a cargo del ingeniero cubano Francisco Javier Cisneros. Se dio paso al terminal marítimo más importante de Colombia en las primeras cuatro décadas del siglo XX y a un municipio de permanente desarrollo, sirviendo de puerto a Barranquilla. Este muelle fue en su momento el segundo más largo del mundo, con 4.000 pies de longitud.
El nombre se dio el día de la inauguración del muelle, 15 de agosto de 1893. Cisneros había propuesto al Presidente de la República de ese momento, Rafael Núñez, llamar a la localidad Puerto Núñez; él no aceptó y respondió que debía llamársele Puerto Cisneros, a lo que el ingenioso empresario contestó denominándolo Puerto Colombia. Puerto Colombia fue elevado a la categoría de municipio por el Decreto 19 de 24 de junio de 1905, emanado del gobernador del departamento de Atlántico.
La ciudad entró en completa decadencia hasta nuestros días cuando en 1936 se construyeron las Bocas de Ceniza que permitieron que Barranquilla construyera un terminal marítimo en su propio casco urbano. En 1943, el gobierno colombiano prohibió la actividad portuaria a través del muelle de Puerto Colombia, inaugurado apenas 50 años atrás, condenando así a la ruina y al olvido a la floreciente población. El 7 de marzo de 2009, el muelle colapsó derrumbándose sus últimos 200 metros, por lo que la estructura fue cerrada. El 26 de noviembre de 2010 se derrumbaron otros 20 metros de la estructura a causa del fuerte oleaje.
